DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9826 O=C(NCCCc1c[nH]c2ncccc12)c1ccc(-c2cc(O)cc(-c3ccncc3)c2)cc1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9827 O=C(O)c1ccc(CN2CCN(c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9828 O=C(O)c1ccc(CN(Cc2ccccc2)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9829 CN(C)C(COC(=O)Nc1ccccc1)C(=O)N1CCCC1C(=O)NC1CCCC(NC(=O)c2ccc(C(=O)Cc3cc(O)ccc3C(=O)O)cc2)C1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9830 O=C(O)c1ccc(Cn2nc(Cc3ccccc3)cc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9831 O=C(O)Cc1cccc(CNC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9832 O=C(O)c1ccc(CN(Cc2ccc(-n3cncn3)cc2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9833 O=C(O)c1ccc(COc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9834 O=C(O)c1ccc(N(Cc2ccccc2)C(=O)Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 6EPZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9835 Cc1ccc(N2CCC(NC(=O)c3ccc(O)cc3)CC2)cc1C(=O)NC1CCCC(C)CC1 AlphaDrug 4O2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9836 CC1CCCC(NC(=O)c2cc(C(=O)N3CCC(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)ccc2O)CC1 AlphaDrug 4O2P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9837 CNC(=O)C(NC(=O)c1cc(Oc2ccc(Cl)cc2)ccc1F)C(=O)NC1CCCN(c2nc3cc(Cl)ccc3o2)C1 AlphaDrug 4O2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9838 CC1C=CC(NC(=O)c2cc(-c3cc(O)ccc3O)ccc2Cl)CCC1 AlphaDrug 4O2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9839 CC1CCCC(NC(=O)c2cc(C(=O)N3CCC(NC(=O)c4nnc(-c5ccccc5)o4)CC3)ccc2O)CC1 AlphaDrug 4O2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9840 CC1CCCC(NC(=O)c2cc(C(=O)Nc3ccccc3C(F)(F)F)ccc2O)CC1 AlphaDrug 4O2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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