DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9766 CCN(CC)CCNC(=O)c1c(C)[nH]c(/C=C2\C(=O)Nc3ccc(CCN(C)C)cc32)c1C AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9767 CCN(CC)CCNC(=O)c1c(C)[nH]c(/C=C2\C(=O)Nc3ccc(F)cc32)c1C AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9768 CCN(CC)CCNC(=O)Nc1cccc(CNC(=O)Nc2ccc(CO)c(NS(C)(=O)=O)c2)c1 AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9769 CCN(CC)CCNC(=O)Nc1cccc(-c2n[nH]c3cc(NC(=O)C4CC4)ccc23)c1 AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9770 CCN(CC)C/C=N/C(=O)Nc1cccc(-c2nn(C)c3ccc(NC(=O)C4CC4)nc23)c1 AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9771 CCN(CC)CCNC(=O)Nc1ccc(Nc2ncc(Cl)c(NC(=O)c3cccc(C(C)(C)C)c3)n2)cc1 AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9772 CCN(CC)CCNC(=O)c1c(C)[nH]c(/C=C2\C(=O)Nc3ccc(F)cc32)c1C AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9773 CCN(CC)CCNC(=O)c1c(C)[nH]c(/C=C2\C(=O)Nc3ccc(CC(=O)Nc4cccc(F)c4)cc32)c1C AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9774 CCN(CC)CCNC(=O)Nc1cccc(-c2ccc3cnc(NCc4ccccc4)nc3c2)c1 AlphaDrug 5YL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9775 CC(C)(C)c1ccc(C2CC(CNC(=O)Nc3ccccc3)CC2=O)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9776 CC(C)(C)c1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc4ccccc4n3)CC2)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9777 CC(C)(C)c1ccc(C2CCN(c3cccc4ccccc34)C(C(=O)NCC(=O)O)C2)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9778 CC(C)(C)c1ccc2cc(C3(C)CCC(CO)NC(=O)C3O)sc2c1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9779 CC(C)NCc1ccc(-c2ccccc2)c(C#N)c1C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9780 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(C(C)(C)C)on2)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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