DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9736 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC1c1ccccc1)C(=O)OC(C)(C)C AlphaDrug 4XU3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9737 CCCCCCS(=O)(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccccc2)c1O AlphaDrug 4MMP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9738 CCCCCCS(=O)(=O)c1cc(C(=O)O)ccc1N(C)c1ccc(C(=O)O)c(Cl)c1 AlphaDrug 4MMP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9739 CCCCCCS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(CNC(=O)CCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4MMP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9740 CCCCCCS(=O)(=O)c1cc(-c2ccc(CN)cc2)ccc1N AlphaDrug 4MMP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9741 CCCCCCS(=O)(=O)c1cc(-c2ccc(CO)c(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)ccc1N AlphaDrug 4MMP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9742 CCCCCCS(=O)(=O)Oc1ccc(Cl)cc1CCCC(=O)NC(=O)CN1CCC(C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4MMP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9743 CCCCCCS(=O)(=O)c1cc(C(=O)O)ccc1Nc1nc(C2CCCCC2)nc2nn[nH]c12 AlphaDrug 4MMP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9744 CCCCCCS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(CNC(=O)C3CCCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4MMP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9745 CCCCCCS(=O)(=O)Oc1ccc(N2CCC(C(=O)O)CC2)nc1 AlphaDrug 4MMP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9746 CCCCCCS(=O)(=O)c1cc(C(=O)O)ccc1N(C)c1ccc(CC)cc1 AlphaDrug 4MMP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9747 Cc1c(-c2ccccc2)n(Cc2ccc(-c3nc(N)cs3)cc2)c2ccccc12 AlphaDrug 6G2L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9748 Cc1c(-c2ccccc2)n(Cc2ccc(N3CCCCC3)cc2)c2cccc(Cl)c12 AlphaDrug 6G2L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9749 Cc1c(-c2ccccc2)n(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c2ccc(-c3c[nH]cn3)cc12 AlphaDrug 6G2L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9750 Cc1nsc(-c2c(C)c3c(N)nc(N)nc3n2CC2CCCC(=O)N2)c1Cl AlphaDrug 6G2L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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