Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9676	Cc1c(NS(=O)(=O)c2ccccc2)cccc1-c1cccc(C(=O)N(C)C2CCCCC2)n1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9677	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(CO)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9678	CN(C(=O)OCc1cccc(C(F)(F)F)c1)c1cccc(NS(=O)(=O)c2ccccc2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9679	CN(C(=O)c1cccc(Nc2ncc(F)c(Nc3ccc(F)cc3)n2)c1)C1CCCCC1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9680	Cc1ccccc1S(=O)(=O)Nc1cccc(-c2cccc(N(C)C(=O)OCc3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9681	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(N4CCOCC4)n3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9682	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3c(F)cccc3CN3CCCC3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9683	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(C3CCN(C(=O)CN)CC3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9684	Cc1n[nH]c(C(F)(F)F)c1S(=O)(=O)Nc1cccc(-c2cccc(N(C)C(=O)OCc3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9685	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(F)c(F)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9686	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(F)cc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9687	COc1ccc(COc2cc(N3CCCC3)nc(N3CCNCC3)n2)cc1OC	AlphaDrug	6EXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9688	COc1ccccc1NC(=N)NCCCCN1CCN(c2ccc(Cl)cc2Cl)CC1	AlphaDrug	6EXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9689	COc1ccc(-n2cc(-c3ccc4cnn(C)c4c3)cn2)cc1OC	AlphaDrug	6EXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9690	COc1ccc(/C(=N\c2ccccc2)N2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6EXS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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