Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9661	CN(C(=O)c1cccc(Nc2ncc(F)c(Nc3ccc(N4C=CNCC4)cc3)n2)c1)C1CCCCC1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9662	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1ccc2nc(-c3ccc(F)cc3)[nH]c2c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9663	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(COCC(F)(F)F)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9664	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(F)c3)n2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9665	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9666	Cc1ccc(C)c(NC(=O)c2cc(NC3CCCC3)cc(C3CCCCC3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9667	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(OC(F)F)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9668	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(NC(=O)CCCCCN)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9669	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C4CC4)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9670	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)n3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9671	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(C3CCCCC3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9672	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(C3CC=CN(S(=O)(=O)C4CC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9673	CN(C(=O)c1cccc(C2CCN(C(=O)CC3(C(=O)NCC(F)(F)F)CC3)CC2)c1)C1C=CCCC1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9674	CN(C(=O)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)n1)C1CCCCC1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9675	Cc1n[nH]c(C)c1S(=O)(=O)Nc1cccc(-c2cccc(N(C)C(=O)OCc3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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