DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9646 Cc1cccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N(C)C(=O)OCc4ccccc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9647 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(N4CCN(CC5CC5)CC4)n3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9648 CN(CCC(=O)N1CCN(CC2CCCCC2)CC1)C(=O)c1cccc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9649 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc2cc(C(=O)NS(=O)(=O)CCCC(=O)O)ccc12 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9650 CC(C)N1CCN(c2ccc(S(=O)(=O)Nc3cccc(-c4cccc(C(=O)N(C)C5CCCCC5)n4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9651 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(F)c3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9652 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9653 CN(C(=O)c1cccc(C2CCC(N(C)C(=O)C3CCCCC3)C2)n1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9654 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9655 CC(CCc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1C1CCC(C(=O)N(C)C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9656 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3N)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9657 Cc1cccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N(C)C(=O)OCc4ccccc4)c3)n2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9658 CN(C(=O)c1cccc(-c2cccc(C(=O)NCC(O)CN3CCCCC3)c2)n1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9659 CN(C(=O)c1cccc(Nc2nc3ccccc3[nH]2)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9660 Cc1c(NS(=O)(=O)c2ccccc2)cccc1-c1cccc(N(C)C(=O)OCc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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