Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9856	Cc1cc(-c2cccc(C(Cc3cccc(O)c3)NC(=O)c3ccc(N4CCNC(C)C4)cc3)c2)cc(O)c1O	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9857	CC1C(O)N(c2cc(-c3ccc4ccccc4c3)cc(C(F)(F)F)c2)CCN1C	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9858	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(C(=O)NCCCCC(=O)O)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9859	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cccc(OCC(F)(F)F)c5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9860	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc4nc(O)ccc34)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9861	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9862	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(C(=O)NC5CCCCCC5O)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9863	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cccc(OCC(=O)O)c5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9864	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccccc5F)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9865	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccc(C(F)(F)F)cc5F)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9866	CC1CN(c2cccc(NC(=O)c3cc(OC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)ccc3C(N)=O)c2O)C=CN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9867	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cnn(CCC(O)C(F)(F)F)c5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9868	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cccc(OCCC(O)C(F)(F)F)c5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9869	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(C5CCC(NC(=O)NCCO)CC5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9870	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5cccc(N)c5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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