Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9571	COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(N4CCC(C(=O)O)CC4)cc3)ccc2O)cc1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9572	COc1ccc(-c2cc(-n3cnc(C)n3)ccc2NC(=O)C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9573	O=C(C1CCCCC1)N1CCN(Cc2cccc3cc(O)ccc23)CC1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9574	COc1ccc(-c2cnc(C(F)F)c(OC3CCNCC3)c2C)cc1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9575	COc1ccc(-c2ccc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9576	COc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3CC(=O)O)ccc2NC(=O)CN2CCC(C(=O)NO)CC2)cc1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9577	COc1ccc(-c2cnc(-c3ccccc3)c(N3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9578	COc1ccc(-c2cc(-c3ccccn3)ccc2NC(=O)C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	5DQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9579	CC1(C(=O)NCC#N)CCN(c2cccc(C(=O)Nc3cc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)n[nH]3)n2)CC1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9580	CC1(C(=O)O)CCN(c2cccc(C(=O)Nc3cc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)n[nH]3)n2)CC1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9581	Cc1ccnc(C)c1NC(=O)c1cccc(N2CCC(C)(C3CCC(NC(=O)CCC(=O)O)CC3)CC2)n1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9582	Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1NC(=O)C(C)N1CCN(c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CC1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9583	Cc1cccc(Cl)c1NC(=O)c1cccc(N2CCC(C)(C(=O)NCCCC(=O)O)CC2)n1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9584	CC1(NC(Cc2ccccc2)C(N)=O)CCN(c2cccc(C(C)(C)C)n2)CC1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9585	CC1(c2ccccc2)CCN(c2cccc(C(=O)Nc3cc(C4CCCCC4)nc(N4CCCC4)n3)n2)CC1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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