DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9451 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2(C(=O)Nc3ccccn3)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9452 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4nc(C5CCN(C(=O)C6CC6)CC5)cs4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9453 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(CCCc2ccccc2)cc1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9454 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4cccnc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9455 COc1cccc(Oc2ccc(CCC(=O)Nc3nc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)no3)cc2C)c1F AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9456 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1ccc(CN2CCC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9457 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(F)c(NC4CCCCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9458 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(-c2cn[nH]n2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9459 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(CCCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9460 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(CCCCCC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9461 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4ccc(F)cc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9462 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1ccc(NC(=O)Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9463 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(-c2cccc(F)c2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9464 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(N2CCC(CN)CC2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9465 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1F)c1cccc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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