DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9391 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cc(C2CC2)nc(N2CCC(F)(F)CC2)n1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9392 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(F)c(NC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9393 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9394 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(F)c(Nc4ccccc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9395 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2/C=N\C(=O)CN(C(=O)C3CC3)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9396 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1F)c1cccc(NC(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9397 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCN(CC(=O)N3C=CC(C)(C)C3)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9398 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9399 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9400 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1cccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9401 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(-c2ccc(F)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9402 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4ccnnc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9403 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4cccc(Cn5cccc5)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9404 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccn1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9405 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C4CCCNCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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