DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8791 CC(C)CCOc1ccc(C(=O)O)c2nc(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc12 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8792 CC(C)(C)n1cc(-c2cccc3ccccc23)c2cc(OCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cnc21 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8793 CC(C)(C)n1cc(-c2cccs2)c2cc(OCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cnc21 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8794 CC(C)(C)c1ccc(Sc2ccc(C(=O)O)cc2)c(-c2ccc(OC3CC3)cc2)c1 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8795 CC(C)(C)n1cc(CN2CCN(c3ccc(Cl)c(OC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)c3)CC2)c2ccccc21 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8796 Cn1ncc2cccc(-c3cn(C(C)(C)C)c4ncc(OCc5ccc(-c6ccccc6)cc5)cc34)c21 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8797 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(CCc3cccc(C(=O)O)c3)c3nc(Cc4ccccc4)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8798 CC(C)(C)n1cc(-c2cccc(N3C=CC=C4C=NN=C(Cl)N43)c2)c2cc(OCc3ccc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc3)ccc21 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8799 Cn1ncc2cccc(-c3cn(C(C)(C)C)c4ccc(OCc5ccc(-c6cccnc6)cc5)cc34)c21 AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8800 CC(C)C1Cc2ccc(C(=O)Nc3ccc(-c4ccccc4)cc3)c(OC(F)(F)F)c2C1O AlphaDrug 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8801 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)Nc1cccc(OCc2ccccc2)c1 AlphaDrug 6B1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8802 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)Nc1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6B1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8803 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(C(=O)O)c2ccc(-c3ccccc3)s2)cc1 AlphaDrug 6B1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8804 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccc2cc(C(N)=O)ccc2c1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 6B1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8805 CC(C)(O)c1nc(N)sc1-c1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC2C(=O)NNC(=O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6B1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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