DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8821 Cc1ccc(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(F)c2)cc1NC(=O)NC(CNC(=O)NC(C)(C)C)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8822 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc2cc(-c3cnn(CC(=O)O)c3)ccc2cn1)c1ccc(C(=O)O)c([N+](=O)[O-])c1 AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8823 Cc1cccc(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)NC2CCCCCC2NC(=O)Nc2nc3ccccc3s2)c1 AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8824 Cc1cc(-c2ccc3cnc(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)O)cc3c2)ccn1 AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8825 CC(C)(C)C(NC(=O)Cc1ccc(O)c(NS(=O)(=O)c2ccccc2)c1)C(=O)O AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8826 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc2cc(-c3cnn(CC(=O)O)c3)ccc2cn1)c1ccc(C(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8827 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)c2)ccc1CNC(=O)C(C)N AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8828 CC(C)(CNC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCC1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8829 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc2cc(-c3cnn(CC(N)=O)c3)ccc2cn1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6EX1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8830 Cc1cc(Cl)ccc1S(=O)(=O)Nc1cc(O)cc(Cl)c1Cl AlphaDrug 5DWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8831 CC(C)(C)c1cc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3ccc4ccccc4c3)ccc2C(=O)O)ccc1F AlphaDrug 5DWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8832 Cc1cc(Cl)ccc1S(=O)(=O)Nc1cc(Cl)cc(Cl)c1Cl AlphaDrug 5DWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8833 Cc1cc(C#N)ccc1S(=O)(=O)Nc1ccc(OCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5DWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8834 Cc1cc(Cc2ccccc2)oc1C(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5DWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8835 Cc1cc(Cl)ccc1S(=O)(=O)Nc1cc(Cl)cc(Cl)c1F AlphaDrug 5DWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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