DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8371 Cc1cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8372 Cc1cc(C(=O)N2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCCC4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8373 Cc1cc(C(=O)N(C)C)cc(C2CCN(C(=O)Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8374 Cc1cc(C(=O)N2CCCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4c(F)cccc4C#N)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8375 Cc1cc(C2CCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)CC(=O)O)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8376 Cc1cc(-c2cc(OCCC3CC3)cc(C(=O)N3CCCCCC3)c2)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8377 Cc1cc(C(=O)N2CCCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCCCCC4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8378 Cc1cc(C(=O)N2CCC(C(=O)O)CC2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(Cl)cc4C)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8379 Cc1cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)N5CCCCC5)cc4)CC3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8380 Cc1cc(C(=O)N(C)C)cc(C2CCN(C(=O)CC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8381 Cc1cc(C2C=CN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NC(C)C)cc4)CC3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8382 Cc1cc(C(=O)NC2CCCCC2)ccc1N1CCN(C(=O)C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8383 Cc1cc(C(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc(C2CCN(C(=O)C3CCCC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8384 Cc1cc(C(=O)O)cc(C2CCN(C(=O)C3CCN(c4ccc(C(=O)NC5CC=CCCC5)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8385 Cc1cc(C(=O)NC2CCCCCC2)cc(C2CCN(C(=O)CC(=O)C3CC3)CC2)c1 AlphaDrug 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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