Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8236	O=C(O)CN(c1ccccc1)c1ccc(-c2ccc(-c3cc4ccccc4n3-c3ccc(C4(O)CCCN4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5W44	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8237	Nc1nnn(-c2ccc(C3(O)CCN3)cc2)c1NC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5W44	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8238	OC1(c2ccc(-n3c(-c4cccc(-c5ccc(N6CCNCC6)cc5)c4)cc4cnccc43)cc2)CCN1	AlphaDrug	5W44	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8239	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8240	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(=O)O)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8241	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2cn(CCCC(=O)O)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8242	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4(NC(=O)CCCC(F)(F)F)CCCCC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8243	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4CCCCCC4N)nc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8244	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc4cnccc34)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8245	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8246	NC(N)=NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cnc(N4CCOCC4)nc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8247	CN(C)Cc1cccc(-c2ccc(-c3ccc(NC(=O)CC(C)(C)C)cc3)s2)c1	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8248	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)N=C(N)N)cc3)cc2)c1)C(=O)O	AlphaDrug	5WA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8249	Cc1cc(-c2ccc(F)cc2)nc2c1ncn2-c1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2C(=O)O)s1	AlphaDrug	4YC0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8250	Cc1cc(C(=O)O)nc2c1ncn2-c1ccc(-c2ccc(-c3cccc4ccc(C(=O)O)cc34)cc2O)s1	AlphaDrug	4YC0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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