DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8191 Cc1ccc(C(=O)O)cc1/C(=C\C(C)C)CC(=O)Nc1cc2ccccc2[nH]1 AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8192 CC(C)CC1CCCCN1c1nc2c(-c3ccc(F)cc3)cccc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8193 CC(C)CC(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN(c2ccc(C(=O)O)cc2)C1=O AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8194 Cc1cc(NS(=O)(=O)c2ccc(OCC(F)(F)F)cc2)cc2cc(-c3cccc(CNC(=O)CCC(C)(C)C)c3)ccc12 AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8195 CC(C)CN1CCC(OC(=O)c2cc3c(-c4ccc(N5CCN(CC(=O)NCC(O)C(C)(C)C)CC5)cc4)cccc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8196 Cc1cc(C(=O)N(CC(=O)O)C(=O)O)cc2ccc(C3CCCN(C(C)C)CC3)n12 AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8197 COc1cc(-c2nc(N)c(C(=O)NCc3ccccc3)c(Nc3ccc(OC)c(OC)c3)n2)ccc1F AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8198 CC(C)CC(C(=O)Nc1cccc(C(=O)O)c1)C(C)CCC(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8199 CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccncc2)on1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8200 CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)on1)C(O)CNC(=O)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8201 CC(C)C(NC(=O)c1ccc(-c2ccncc2)cc1)C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8202 CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCC3CCCCCCC3)c2)on1)C(=O)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 4BF1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8203 CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCC3CCN(S(=O)(=O)CC4C=CCCC4)CC3)c2)on1)C(=O)CCCCCCCCCC1CC(C(=O)F)(C(F)(F)F)S1 AlphaDrug 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8204 CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)on1)C(=O)NCCC(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8205 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCc4ccc5ccccc5c4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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