DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8161 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NC2CCc3ccccc32)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8162 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)N1C=CC(c2cccnc2)CC1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8163 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccccc1OC(C)(C)C(=O)NCc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8164 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCCC2CCCCC2)cc1S(=O)(=O)Nc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8165 CC(C)(C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CCC(N5CCCCC5=O)CC4)CC3)cc2)cc1)c1nnn[nH]1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8166 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)c2ccccc2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C#N)cc3C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8167 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)O)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccccn3)c2)CC1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8168 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(N2CC(NC(=O)c3ccc(Cl)cc3)C2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8169 CC(C)(C)Cc1cc2ccc(-c3cccc(CCC(=O)O)c3)cc2n1Cc1ccccc1 AlphaDrug 6O0O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8170 Cc1ccc(C(=O)Nc2cc(-c3cccc(-c4cccc5ccccc45)c3)nc(C(C)(C)C)c2)cc1 AlphaDrug 6O0O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8171 CC(C)(C)Cc1cc2cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc2n1Cc1ccccc1Cl AlphaDrug 6O0O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8172 CC(C)(C)Cc1cc2cc(S(=O)(=O)C(=O)c3cccc4ccccc34)ccc2n1Cc1ccccc1 AlphaDrug 6O0O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8173 CC(C)(C)Cc1cc2cc(S(=O)(=O)C3CCN(c4cccc(Cl)c4)CC3)ccc2n1Cc1ccccc1 AlphaDrug 6O0O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8174 CC(C)(C)Cc1cc2cc(-c3ccccc3)ccc2n1Cc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6O0O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8175 CC(C)(C)Cc1cc2cc(S(=O)(=O)NC(=O)c3cccc4ccccc34)ccc2n1Cc1ccccc1 AlphaDrug 6O0O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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