Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8146	CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(N)=O)nc3ccc(-c4ccc(OC(F)(F)F)cc4)cc32)cc1	AlphaDrug	5MMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8147	CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc(OCCC4CCCC4)cc3)nc3ccc(C(C)C)cc32)cc1	AlphaDrug	5MMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8148	CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(N)=O)nc3ccc(-c4ccc(C(F)(F)F)o4)cc32)cc1	AlphaDrug	5MMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8149	CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(N)=O)nc3cc(C(=O)O)ccc32)cc1	AlphaDrug	5MMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8150	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(CC1CCCCC1)C(=O)NCc1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8151	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(=O)c1cn(Cc2cccc(C(F)(F)F)c2)c2c(N)ncnc12	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8152	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(=O)c1cc(Cl)n(Cc2ccc(C(=O)N3CCOCC3)cc2)c1	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8153	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(=O)c1cn(Cc2ccccc2C)c2cc(CC(C)(C)C)ccc12	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8154	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1F)C(=O)NC1CCC=CC1NC(=O)c1cnc(-c2ccccc2)s1	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8155	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NCc1cccc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8156	CC(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NC(=O)c1cn(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2c(N)ncnc12	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8157	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(=O)c1cn(Cc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)c2ccccc12	AlphaDrug	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8158	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(=O)c1cn(Cc2ccc(F)cc2)c2cc(C(C)(C)C)ccc2c1=O	AlphaDrug	5IA1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8159	CC(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(=O)c1cn(Cc2cccc(F)c2)c2ccccc2c1=O	AlphaDrug	5IA1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8160	CC(C)(C)OC(=O)N1CCCCC1NC(=O)c1ccc(NC(=O)C(C)(C)C)c(S(=O)(=O)N2CCC(c3cccc(Cl)c3)CC2)c1	AlphaDrug	5ZAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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