DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8071 Cc1c(CNC(=O)C2CCCCC2)nn(-c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)c1-c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8072 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NCc3ccc(-c4cc(C)no4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8073 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NCc3ccc(-c4cc(C)on4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8074 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NCCc3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8075 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(Cl)cc2)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8076 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8077 Cc1ccc(-c2nnc(NC3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(C)cc4)CC3)[nH]2)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8078 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCCN)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8079 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccc(-c3cc(C)no3)cc2)cc1 AlphaDrug 5LZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8080 O=C(CCc1ccc(C2CNC(CO)C2)cn1)Nc1ccccc1 AlphaDrug 6MJF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8081 O=S(=O)(Nc1cc(-c2ccc(O)cc2)cc2ccccc12)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6MJF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8082 N#Cc1c(-c2ccc(O)cc2)c(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)nn1CC1CCCCCC1 AlphaDrug 6MJF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8083 Oc1cccc(-c2ccc(CCN3CCCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 6MJF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8084 Oc1ccc(-c2cc3ccccc3cc2OCCCN2CCN(c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6MJF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8085 O=C(Nc1cccc2cc(-c3ccc(O)cc3)c(OCC3CCCCC3)cc12)C1CC1 AlphaDrug 6MJF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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