Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8041	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8042	Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1C(=O)NC(C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(-c2cccc(O)c2)c1)C(C)C	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8043	CC(C)(C)NC(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(-c2cccc(OC3CCCCC3)c2)c1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8044	CC(C)(C)NC(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(C(=O)OCC2CCCCC2)c1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8045	CC(C)(C)NC(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(Oc2cccc(C#N)c2)c1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8046	CC(C)(C)NC(Cc1cccc(CN2CCC(c3cccc(Cl)c3)C2)c1)C(=O)OCc1ccccc1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8047	CC(C)(C)NC(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(C(=O)c2cccc3ccccc23)c1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8048	COc1cc(-c2ccc(C(=O)OC(C)(C)C(C)(C)C(=O)OC(=O)CC(C)(C)C)cc2)ccc1NCc1ccccc1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8049	CC(C)CC1CC(=O)N1C(=O)C(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)NC(C)(C)C	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8050	CC(C)(C)NC(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5VGY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8051	COc1ccc(CN2CC=C(C(=O)Nc3ccc(N(C)C)cc3)CC2)cc1C(=O)NCCN1CCOCC1	AlphaDrug	5O9Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8052	COc1ccc(CN2CCC(c3nc4ccc(N5CCOCC5)cc4[nH]3)CC2)cc1OC	AlphaDrug	5O9Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8053	COc1ccc(CN2CCC(c3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CC2)cc1C(=O)N1CCC(CCC(=O)NC(C)C)CC1	AlphaDrug	5O9Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8054	COc1ccc(CN2CCC(c3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CC2)cc1C(=O)NCc1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5O9Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8055	COc1ccc(C2=CCN(C(=O)Cc3nc(=O)[nH]c4ccccc34)CC2)cc1	AlphaDrug	5O9Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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