DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1276 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C(=N)N)cs4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1277 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4ncc(C(=N)N)cn4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1278 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(C)(C)C(=O)O)CC5)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1279 NS(=O)(=O)c1cc(F)ccc1C(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1280 CC(C)C(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1281 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3cccc(OCC(=O)O)c3)CC2C)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1282 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(Cc3ccccc3)C(=O)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1283 CC(C)c1ccc(C(C)(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)o2)c2cccc(OCC(=O)O)c2)cc1O AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1284 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(C)C(CCCC(=O)OC3C)C2)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1285 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCc4cccc5ccccc45)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1286 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1287 CC(C)c1ccc(-n2cc(-c3ccc(C(=O)NCC4CCCCCC4)s3)cn2)cc1 AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1288 CC(C)COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc2)cc1C(=O)NC(C)(C)C AlphaDrug 5AMD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1289 CC(C)CC(NC(=O)c1cn(C2CCCCC2)c2ccccc12)C(=O)NC(CC1CCCCC1)C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1290 CC(C)CC(NC(=O)c1cn(C2CCCCC2)c2ccccc12)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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