DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1291 CC(C)CC(NC(=O)c1cn(C2CCCCC2)c2ccccc12)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)OC(C)C AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1292 CC(C)CC(NC(=O)c1cn(C2CCCCC2)c2ccccc12)C(=O)NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1293 CC(C)CC(NC(=O)c1cn(C2CCCCC2)c2ccccc12)C(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1294 CC(C)CC(NC(=O)c1cnc(Cl)cn1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1295 CC(C)CC(NC(=O)c1ccccc1)C(=O)NC(=O)c1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1Cl AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1296 CC(C)C(=O)NCc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCc4ccccc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1297 CC(C)CC(NC(=O)c1cn(C2CCCCC2)c2ccccc12)C(=O)NC(Cc1ccccn1)C(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1298 CC(C)CC(NC(=O)c1cn(C2CCCCC2)c2ccc(Cl)cc12)C(=O)NC(CCc1ccccc1)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 5TP0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1299 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(OC)c(Cl)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1300 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nnc(-c4ccccc4)o3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1301 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4ccc(C(=O)O)cc4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1302 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=N)C2CCCC(c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1303 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccccc3F)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1304 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4ccc(N5CCCC5)cc4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1305 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)cc1F AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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