DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1351 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(C4C=CCCC4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1352 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(-c3ccc(Cl)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1353 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1354 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nc(CCc4ccccc4)nc(N)c3F)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1355 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4ccc(F)c(F)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1356 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(C)c(Cl)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1357 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(-c3cccc(Cl)c3)c2Cl)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1358 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nc(CCC4CCCCC4)c(OC)c(=O)[nH]3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1359 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(C(=O)O)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1360 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(Cl)c(C)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1361 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1362 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2O)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1363 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(F)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1364 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(F)c(OC)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1365 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(N5CCCC5)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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