DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1366 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(c3ccc(C4CCCCC4)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1367 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(c3ccc(C4CCCCC4)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1368 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nnc(C4CCCCC4)o3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1369 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3n[nH]c(C4CC=CCC4)n3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1370 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4ccccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1371 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2F)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1372 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)n3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1373 COc1cc(OC)cc(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccc(C4CCCCC4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1374 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CCc4cccnc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1375 COc1ccc(S(=O)(=O)NCCCOc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1376 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(OC)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1377 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(C4CCCC4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1378 Cn1nc(-c2cccc(-c3cc(CC4(C(F)(F)F)CC4)nc4ccccc34)c2)nc1-c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5A6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1379 CC(C)CCn1c(C(=O)NC2CCC(NC(=O)c3ccccc3OCCc3ccccc3)C(O)C2O)nc2ccccc21 AlphaDrug 5A6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1380 CC(C)(C)c1ccc(-c2[nH]c(=O)c3ccccc3c2CCN2CCC(O)(c3nc4ccccc4[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 5A6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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