Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1381	CC(C)(N)c1cc(-c2ccccc2C(=O)NC2CCC(NC(=O)c3ccccc3)C(O)C2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1382	Cn1nc(-c2cccc(N3CCCN(C(=O)c4ncc(C(F)(F)F)nn4)CC3)c2)nc1-c1ccc(C(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1383	CC(C)(CCNS(=O)(=O)c1ccc(-c2nc(-c3ccccc3CCCCc3ccccc3)no2)cc1)C(=O)NCC(=O)O	AlphaDrug	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1384	CC(C)(Nc1cc(-c2nc(-c3cccc(Cl)c3Cl)no2)cc(Cl)c1Cl)C(=O)NC1CCC(O)C1	AlphaDrug	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1385	CC(C)OCCn1c(C(=O)NC2CCC(NC(=O)c3ccccc3)C(O)C2O)nc2ccccc21	AlphaDrug	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1386	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2C3CCC2CN(C(=O)c2cccc(-c4nnc[nH]4)c2)CC3)cc1	AlphaDrug	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1387	CC(C)OCCn1c(C(=O)NC2CCC(NC(=O)c3ccccc3)C(O)C2O)nc2ccccc21	AlphaDrug	5A6X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1388	CC(C(=O)N1CCC(C)(C(=O)O)CC1)c1ccc2nc(-c3ccc(-c4ccccc4C(F)(F)F)cc3)[nH]c2c1	AlphaDrug	4RVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1389	CC(C(=O)N1CCC(c2cccc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1)c1cccc(-n2cnc3cnc(C(F)(F)F)nc32)c1	AlphaDrug	4RVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1390	CC(C(=O)N1CCC(c2cccc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1)c1cccc(-n2cnc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)n2)c1	AlphaDrug	4RVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1391	CC(C(=O)N1CCC(c2cccc(NC(=O)c3ccc(-n4cnnc4C(F)(F)F)cc3F)c2)CC1)c1ccccc1	AlphaDrug	4RVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1392	Cc1cccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc4cccc(C5CCN(C(=O)C(C)C(C)(C)C)CC5)c4c3)cc2)n1	AlphaDrug	4RVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1393	CC(C(=O)N1CCC(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1)c1ccc2nccc(C(=O)O)c2c1	AlphaDrug	4RVR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1394	Cc1ccc(C(=O)Nc2cccc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)c2cc(C(=O)NCCC(C)C)[nH]c12	AlphaDrug	4RVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1395	Cc1cccc(C(=O)Nc2cccc(C3CCN(C(=O)C(C)c4ccc5ncccc5c4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	4RVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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