Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1411	CC(C)CNC(=O)C1CCN(C(=O)c2ncc(-c3ccc(C(C)(C)C)cc3)s2)CC1	AlphaDrug	6S5K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1412	Cc1ccc(F)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCC(C(=O)NCC(C)C)C2)nc1	AlphaDrug	6S5K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1413	CC(C)CNC(=O)c1cnc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)o1	AlphaDrug	6S5K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1414	CC(C)CNC(=O)C1CCN(C(=O)c2ccc(N3CCC(O)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6S5K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1415	Cc1c(C(=O)NCC(C)C)c2cc(C(=O)NCC(=O)O)ccc2n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1416	CC(C)CNC(=O)C1CCN(C(=O)Nc2ccc(C(=O)NCc3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1417	CC(C)CNC(=O)C1CCN(C(=O)C2CCCCCC2)CC1	AlphaDrug	6S5K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1418	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(N4CCC(N)C4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1419	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)CCCN4)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1420	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2NC(=O)NC2CCCNC2=O)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1421	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(C(C)C)C=CN(C)C4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1422	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(NC(=O)OCC(C)(C)C)CCNCC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1423	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(NC(=O)OCC(F)(F)F)CCCC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1424	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(c5ccc(F)cc5)C=CN(CC(F)(F)F)CC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1425	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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