Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1456	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(N4C=CCCC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1457	CC(=O)N1C=CCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4CCN(C)CC(O)C4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1458	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(O)C(O)c4ccccc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1459	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(C(N)=O)CC3)cc2)(c2ccccc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1460	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4ncccc4c3)cc2Cl)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1461	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)CC(=O)N4)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1462	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(-c4cccnc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1463	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(O)C(Cc4ccccc4)NC(=O)OCc4ccccc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1464	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3nonc3CC(C)(C)C(O)c3ccc(F)cc3)cc2Cl)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1465	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(O)c4ccccc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1466	CC(=O)N1CCCC(NC2CCCCC2)C1Cc1ccc(-c2n[nH]c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1467	CC(=O)N1CC=CC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(N4CCN(C(C)C)CC4)c3)c(Cl)c2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1468	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(N4CCCC4)c3)cc2CC(F)(F)F)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1469	Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(N3CCCCC3=O)c2)c2cccc(Cl)c2)cc1	AlphaDrug	2E24	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1470	Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(N3CCCCC3=O)c2)c2ccc(C(=O)NO)cc2)cc1	AlphaDrug	2E24	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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