DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1471 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(C(=O)O)CCN(C(N)=O)CC4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1472 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1473 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4[nH]c(C)nc4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1474 CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1475 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCCCC4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1476 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)OCC(CO)CCO4)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1477 CC(=O)N(Cc1cccc(-c2ccc3ccccc3c2)c1)C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1478 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)CC(C)(C)NC4)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1479 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc4c3cnn4CCC(C)(C)O)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1480 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(O)C4CCCCC4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1481 COc1cc(-c2ccc3ncccc3c2)ccc1C(=O)NC1CCCN(C(C)=O)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1482 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(N4CCC(O)C4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1483 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2C)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1484 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4[nH]c(=O)oc4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1485 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4[nH]nc(N)c4c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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