Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1516	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCC(c3ccc(C(F)(F)F)c(C(=O)O)c3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1517	CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cc3cc(Cl)ccc3cc2C(=O)NO)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1518	CC(C)(C)c1ccc(C2(Oc3cccc(-c4noc(=O)[nH]4)c3)CCCN(c3ncc(-c4ccccc4C(F)(F)F)cc3F)CC2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1519	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCN(c3cccc(-c4ccc(C(F)(F)F)c(S(C)(=O)=O)c4)c3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1520	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCN(c3ccc(-c4cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c4)cc3Cl)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1521	CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cc3cc(Cl)ccc3cc2C(=O)NCc2cccc3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1522	CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cc3cc(Cl)ccc3cc2C(=O)NCc2cccc(-c3cccnc3)c2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1523	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCN(c3ccc(-c4ccnc(N)c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1524	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCC(c3ccc(Cl)c(-c4cccnc4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1525	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCN(c3cccc(-c4cccc(F)c4)c3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1526	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCC(c3ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c3)CC2)c(Cl)c1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1527	COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cc(Cc4cc(-c5ccccc5)ncn4)ccc3C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1528	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCN(c3ccc(-c4ccc(C(F)(F)F)c(C(=O)O)c4)cc3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	7K9I	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1529	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2CCC(c3ccc(Cl)c(-c4nc(C5CC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1530	CC(C)(C(=O)NO)c1ccc(NC(=O)N2C=CC(c3ccc(Cl)c(-c4cccc(CO)c4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	7K9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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