DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1501 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCCCC3=O)cc2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 2E24 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1502 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4CCC(O)C4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1503 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(N3CCC(N)C3=O)cc2)c2cc3ccccc3o2)cc1 AlphaDrug 2E24 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1504 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1505 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)CC(C)(C)N4)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1506 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(c5ccc(F)cc5)CCCC4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1507 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)c2c(F)cccc2F)cc1 AlphaDrug 2E24 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1508 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2OC2CC(O)C(O)C2O)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1509 CC(=O)N1CCC2(CCN(C(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)C2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1510 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)N(C)CC(O)CCCO4)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1511 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)COCO4)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1512 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cccc(-c3ccc4ccccc4c3)c2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1513 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1514 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4=CCCCC4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2E24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1515 CC(C)(C)c1ccc(C2(Oc3ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c3)CCCN(c3ncc(-c4ccccc4C(F)(F)F)cc3F)CC2)cc1 AlphaDrug 7K9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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