Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1441	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(-c4ccc(N5CCNCC5)cc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1442	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cccc(-c3cccc(S(C)(=O)=O)c3)c2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1443	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(N4CCNCC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1444	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)C(C)(C)CCCO4)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1445	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(O)CCN(C(=O)NC5CCCC5)CC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1446	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)CC(=O)N(C)C(=O)CCCO4)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1447	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(-c4nnon4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1448	CC(=O)N1CCCC(C(NC(=O)C2CCCCC2)C(=O)NCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1449	CC(=O)N1C=CCC(CN2CCC(Nc3cc(O)c(O)c4c3CCCC4)CC2)CC1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1450	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)nnn4CCN3CCOCC3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1451	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(c5ccc(C(=O)O)cc5)CCCCC4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1452	CCC(O)CCCn1nnc2cc(-c3cccc(C(=O)NC4CCCN(C(C)=O)C4)c3)ccc21	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1453	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4c(c3)C(C)(C)C(O)C4)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1454	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(=O)NO)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1455	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(-c4ccncc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	2E24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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