DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1396 Cc1cn(-c2ccc(C(=O)O)cc2)nc1NC(=O)C(C)C(=O)N1CCC(c2cccc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4RVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1397 CC(C(=O)N1C=CC(c2cccc(NC3CC3)c2)CC1)c1ccc2ncnc(N)c2c1 AlphaDrug 4RVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1398 CN(C1CCN(C(=O)c2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1)C(C)(C)C AlphaDrug 4CSD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1399 O=C(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)N1CCC(Nc2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1400 Cc1ccccc1-c1ccc(CCC(=O)N(C)C2CCN(C(=O)c3cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1401 CN(c1ccc(-c2ccccc2)cn1)C1CCN(C(=O)c2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1402 Cc1ccc(C(=O)NC2CCN(C)C(=O)C2)cc1-c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1403 Cc1nc(C)n(C)c1N(C)C1CCN(C(=O)c2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1404 Cc1cc(F)ccc1N(C)C1CCN(C(=O)c2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1405 CN(C(=O)C1CCCCC1C(=O)NO)C1CCN(C(=O)c2cc(Cl)cc(I)c2)CC1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1406 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)N3CCC(N(C)C(=O)c4ccccc4)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1407 CN(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCN(C(=O)c2cc(C#N)cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1408 CC(C)CNC(=O)C1CCN(C(=O)CCCc2ccc(N(C)C)cc2)CC1 AlphaDrug 6S5K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1409 Cc1cc(C(C)C)ccc1NC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 6S5K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1410 Cc1nc2cc(F)ccc2n1-c1ccc(N2CCC(C(=O)NCC(C)C)CC2)cc1 AlphaDrug 6S5K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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