DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1336 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)NCCO)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1337 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(F)cc(OC3CCN(C4CCCC4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1338 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(c3ccc(C4CCCCC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1339 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3F)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1340 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)NCC(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1341 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2O)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1342 COc1cccc2nc(C3CCCC(C(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)C3)[nH]c12 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1343 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2F)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1344 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(CO)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1345 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(C5CC5)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1346 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(OCC(=O)O)c(OCC(F)(F)F)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1347 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nnc(-c4ccc(Cl)cc4)o3)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1348 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4cccc(Cl)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1349 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(-c4ccc(Cl)c(Cl)c4)onc3c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1350 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3F)c2)cc1 AlphaDrug 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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