DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13741 CC(/C=C/c1ccc(O)c(Cc2ccc(O)c(O)c2)c1)C(=O)NCC(O)c1cc(O)c(O)c(O)c1 AlphaDrug 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13742 CC(/C=C/c1ccc(O)c(Cc2ccc(O)c(O)c2)c1)c1ccc(C(=O)O)c(O)c1 AlphaDrug 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13743 CC(/C=C/c1ccc(C(=O)O)cc1)/C(O)=C\c1cc(O)c(O)c(O)c1O AlphaDrug 5FE7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13744 CC(c1cccc(C(F)(F)F)c1)N1CCN(Cc2ccc(-c3nc4ccccc4[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 4RPN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13745 COc1ccc(C2CCN(C(=O)CN3CCN(c4ccc(Cl)cc4C(F)(F)F)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13746 CC(c1ccc(C(F)(F)F)cc1)N1CCN(Cc2ccc(-c3ccc(F)c(N)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13747 CC(C(=O)NC1CCC(Nc2nc3ccccc3c(=O)[nH]2)CC1)N1CCN(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(C)C1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13748 CC(N1CCN(Cc2ccc(-c3nc4c(-c5cnco5)cccc4[nH]3)c(F)c2)CC1)C(C)(F)F AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13749 CC(c1c[nH]c2ccccc12)N1CCN(Cc2ccc(-c3nc4ccccc4[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13750 CC(c1c[nH]nc1-c1ccccc1)N1CCN(Cc2ccc(-c3nc4ccccc4[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13751 CC(C(=O)NC1CCCC1)N1CCN(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13752 CC(c1ccc(Cl)cc1)N1CCN(Cc2ccc(-c3nc4ccccc4[nH]3)cc2)C1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13753 CC(=O)N1CCN(C(C)c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C)c(C)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4RPN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13754 O=C(O)c1cc(OCO)c(O)c(C(=O)O)c1O AlphaDrug 6DZX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13755 O=C(O)c1cc(O)c(O)c(C(O)C(=O)O)c1O AlphaDrug 6DZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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