Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13726	CC(C)c1cc(Nc2cc(C(C)(C)N)ccc2C(N)=O)nc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)n1	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13727	Cc1nc(-c2ccc(F)cc2)cc2cc(NC(=O)Nc3cc(N4CCN(C)CC4)cc4c3ncn4C)n(C)c12	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13728	CN1C=CN(c2cc(Nc3cc(Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)ncc3C(N)=O)c3ncn(CC(C)(C)O)c3n2)CC1	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13729	Cc1nc(Nc2cc(Nc3cc(C(C)C)ccc3C(=O)NCC(C)C)ncc2C(F)(F)F)cc(N2CCN(C)CC2)n1	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13730	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)ncc3C(N)=O)c3ccccc3n2)CC1	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13731	CC(C)c1cnc(Nc2ccc(C(=O)NC(C)(C)C)cn2)cc1Nc1cc(N2CCN(C)CC2)cc(-c2ccc(F)cc2)n1	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13732	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(NC(=O)Nc4ccccc4C(F)(F)F)ncc3C(=O)NC3CCCC(C(=O)O)CC3)ccn2)CC1	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13733	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(C(F)(F)F)ccn3)nc(-c3ccc(N4CCN(C(C)(C)C)CC4)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	6B4U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13734	CC(/C=C/c1ccc(Cc2cccc(O)c2)c(O)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cc(O)c(O)cc1O	AlphaDrug	5FE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13735	CC(/C=C/c1cc(O)c(Cc2cccc(O)c2)cc1OC(F)(F)c1cc(O)c(O)c(O)c1O)c1ccccc1	AlphaDrug	5FE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13736	Cc1cc(/C=C/C(C)c2ccc(C(=O)O)cc2)cnc1CO	AlphaDrug	5FE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13737	CC(/C=C/C(=O)NC1CCCCC1C(=O)N(C)Cc1ccc(C(=O)O)cc1)/C=C/c1ccc(O)c(Cc2ccc(O)c(O)c2)c1	AlphaDrug	5FE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13738	CC(/C=C/c1ccc(O)c(Cc2ccc(O)cc2)c1)OC(=O)c1cc(O)c(O)c(O)c1O	AlphaDrug	5FE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13739	CC(/C=C/c1c(Cl)cc(C(=O)O)cc1Cc1ccc(O)c(O)c1)C(F)(F)F	AlphaDrug	5FE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13740	CC(/C=C/c1ccc(O)c(Cc2ccc(O)c(O)c2)c1)c1cc(O)c(O)c(C(=O)O)c1O	AlphaDrug	5FE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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