DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13666 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CC=CCCC2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13667 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2c[nH]c3ccccc23)CC2CCCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13668 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCCCC2)C(=O)NC2CCC(N3CCC(C(=O)O)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13669 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCCCCC2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13670 CC(C)CC(NC(=O)C(N)Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13671 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2ccc(O)cc2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13672 COc1ccccc1CC(NC(=O)CCC1CCCCC1)C(=O)NC1CCC(=O)N(C)C1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13673 COc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13674 COc1ccc(-n2c(C(=O)O)cc3c4ccccc4[nH]c32)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13675 COc1ccc(-n2c(S(=O)(=O)C3CCCC3)cc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13676 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(F)c(F)c2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13677 COc1ccc(S(=O)(=O)C(CCC2CCCCC2)OCC(O)CN2CCC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13678 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCCCC2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13679 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCCCC2)C(=O)NC23CC2(C)O3)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13680 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(F)c(OC)c2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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