DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13606 Cc1cc(NC(=O)c2nc3ccc(Cl)cc3[nH]2)cc(N2C=CNCC2)c1 AlphaDrug 5VL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13607 Cc1cc(C(=O)Nc2ccc(NS(=O)(=O)c3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)cc2)no1 AlphaDrug 5VL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13608 CC(C)Cc1cc(-c2nnc(-c3ccc(CC4(O)CCCCC4)cc3Cl)o2)ccc1C1CCCC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13609 CC(C)Cc1cc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)no2)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13610 CC(C)Cc1cc(-c2nc(-c3ccc(Cl)cc3Cl)no2)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13611 CC(C)Cc1cc(-c2ccc(-c3nnn[nH]3)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13612 CC(C)Cc1cc(-c2ccccc2)c(Cl)cc1N1CCN(C(=O)CCc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13613 CC(C)Cc1cc(-c2nnn(C)c2-c2ccc(F)cc2)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13614 CC(C)Cc1cc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)no2)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13615 CC(C)Cc1cc(-c2nc3ccccc3[nH]2)ccc1C1C=CN(C(=O)CC2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13616 CC(C)Cc1ccc(-c2ccc(-c3nnn(C)c3-c3ccc(Cl)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13617 CC(C)Cc1cc(-c2ccccc2)c(O)cc1C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13618 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2ccccc2)CC2C=CCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13619 COc1ccc([SH](CC2CCCCC2)Oc2ccc(C3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13620 CC(C)(C)OCC(NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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