Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13576	CSc1cccc(Nc2nc(NC(C)C(=O)c3ccc(-c4ccc(C)cc4)cc3)sc2C)c1	AlphaDrug	5CQT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13577	CS(=O)(=O)Nc1ccc2cc(-c3cc(NC(=O)CCC(F)(F)F)ccc3Cl)[nH]c2c1	AlphaDrug	5CQT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13578	CC(C)NCC(=O)N1CCCC(Nc2ccc(C(C)N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4C(F)(F)F)cc3)cc2)C1	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13579	CC(C)NC(=O)C1OC(c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)cc2)COC1O	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13580	CN(C)C(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13581	CCc1c(C)n2c(-c3cccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)n3)ccc2c(=O)n1C	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13582	CC(OC(C(=O)N1CCN(c2ccc(C(C)NC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2)CC1)C(C)C)C(=O)O	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13583	CC(C)CCC(NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1)C(=O)NCc1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13584	CC(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13585	CCc1[nH]c(/C=C2\C(=O)Nc3ccc(F)cc32)c(C)c1C(=O)NCC(O)CN1CCN(c2ccccc2)CC1	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13586	CC(C)C(NC(=O)N1CCCCC1)c1ccc(-c2cccc(C(=O)NCc3ccccc3)n2)cc1	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13587	CCc1c(C(=O)NC2C=CN(C(=O)C3CCCN3C(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)c(OC)cn2nccc12	AlphaDrug	5XPI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13588	CC1(C)CCCN(c2ccc(S(=O)(=O)c3ccc(OC4CCN(c5ccc(C#N)cc5)CC(C)(C)C4)cc3)cc2)C1	AlphaDrug	4Y3J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13589	CC1(C)CC(C(=O)c2ccc(OC3CCN(C(=O)c4cccc5ccccc45)CC3)c(OCC3CC3)c2)NC(=O)C(CO)C(O)C(O)C1	AlphaDrug	4Y3J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13590	CN(C)C1CCC(Oc2ccc(S(=O)(=O)c3ccc(N4CCCC(C)(C)C4)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	4Y3J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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