DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13546 CC(C)(C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(F)(F)P(=O)(O)O)cc2)o1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13547 CC(C)(C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(N)=O)cc2)o1)c1ccc(C(=O)NCCCCCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13548 CC(C(=O)N1CCCC(c2nnn[nH]2)C1)C(CC1CCCCC1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13549 Cc1cc(N2CCN(C(C)C(=O)Nc3cccc(S(N)(=O)=O)c3)CC2)ccn1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13550 CC(c1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccccc3)CC2)cc1)N1CC(O)C(OCc2ccccc2)OC1=O AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13551 CC(c1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccccc3)CC2)cc1)N1CC(O)CC1C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13552 CC1CN(c2ccccc2)CCN1S(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)CC#CCO)CC2)cc1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13553 Cc1cccc(C2=C(C(=O)OC(C)c3ccc(N4CCN(C(=O)c5ccccc5)CC4)cc3)CCCC2)c1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13554 CC(C)(C)C(=O)N1CCC(Nc2nc3c(S(C)(=O)=O)c(Cl)ccc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13555 CC(Nc1nc(=O)/c1=N/c1ccc(Cl)cc1)C(=O)NCc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13556 CC(OC(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)C3CCCCC3C(=O)O)CC2)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13557 CC(NC(=O)C1CCCCC1)c1cc(S(N)(=O)=O)c(Cl)cc1Cl AlphaDrug 5AUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13558 COc1ccc(Cc2ccc(-c3ccc(-c4cccc(S(N)(=O)=O)c4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NWI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13559 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCc3cccc(-c4ccc(-c5ccccc5)cc4)c3)cc2)cc1Nc1ncnc2cc(F)ccc12 AlphaDrug 5NWI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13560 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCc3cccc(-c4cncnn4)c3)cc2)cc1Nc1ncnc2cc(F)ccc12 AlphaDrug 5NWI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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