Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13486	Cc1ccc(NC(=O)NC(C)C(=O)NC(C(=O)NC(Cc2ccc(Cl)cc2)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)OCC(=O)NC(CC(N)=O)C(N)=O)C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	5BTV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13487	Cc1ccc(NC(=O)NC(C)C(=O)NC(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)OC(C)(C)C(N)=O)cc1	AlphaDrug	5BTV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13488	CCC(=O)NC1CCCC(n2cc(-c3ccc(F)cc3)cn2)C1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13489	CCC(CC)N(C1=CCCN(C(=O)C2(c3nc4cc(Cl)ccc4[nH]3)CC2)C1)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13490	CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)NC1CCCc2ccccc21	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13491	CCC(=O)N/C1=C/C=C(/c2cccc(O)c2)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C2CCCN2C(=O)C(N)C1=O	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13492	CCC1(C)CCN(C(=O)Nc2ccc(NC(=O)Nc3cccc(Cl)c3)cc2)CCN1C(=O)c1ccc(Cl)c(Cl)c1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13493	CCCN1CCN(c2ccc(NC(=O)c3ccc(Cl)c(Cl)c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13494	CCC(=O)Nc1ccc(C(C)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C(N)Cc2cccc(O)c2)cc1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13495	CCC(=O)Nc1ccc(C2=C(CN3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C2)cc1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13496	CCC(CC)NC(=O)Nc1ccc(-c2csc(NC(=O)c3cccc(C)c3)n2)cc1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13497	CCC(=O)Nc1ccc(C2C=CN(C(=O)C3(c4nc5cc(Cl)ccc5[nH]4)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	6G2M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13498	CN(C)C(=O)c1ccc(-n2cc(CN3CCN(c4ccccc4Cl)CC3)c3ccccc32)cc1	AlphaDrug	5ZKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13499	CN(C)C(=O)c1ccc(-n2cc(CN3CCC(C(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)C3)c3ccccc32)cc1	AlphaDrug	5ZKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13500	CN(C)C(=O)c1ccc(C2=C(CN)CCN(c3ccc(Cl)c(Cl)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5ZKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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