DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13501 Cc1ccccc1-c1cccc(-c2cccnc2N(C)c2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 5ZKC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13502 Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)N(C)C)c2)cc1C AlphaDrug 5ZKC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13503 Cc1cc(CN2CCC(C(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)C2)c(C)n1-c1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1 AlphaDrug 5ZKC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13504 Cc1cc(-c2ccc(C)c(Cn3ccc4ccc(C(F)(F)F)cc43)c2C)ccn1 AlphaDrug 5ZKC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13505 CN(C)C(=O)c1ccc(-n2cc(CN3CCC(OC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)c3ccccc32)cc1 AlphaDrug 5ZKC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13506 CN(C)C(=O)c1cccc(-c2ccc(OCC3CC(c4ccccc4)CN3)cc2)c1 AlphaDrug 5ZKC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13507 CN(C)C(=O)c1cccc(CN(CCC2CC=CCC2)C(=O)c2ccc(Cl)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5ZKC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13508 Cn1c(=O)[nH]c2ccc(Oc3ccc(-c4ccc(CC(=O)c5ccccc5)c(C(C)(C)C)c4)nc3)cc21 AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13509 CC(C)(C)c1cc(-c2ccc(Oc3ccc4[nH]c(=O)n(C5CCCC5)c4c3)c(O)c2)ccc1CC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13510 Cc1ccc(-c2noc(C(=O)c3ccccc3)n2)cc1C(C)(C)C AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13511 CC(C)(C)c1cc(C2(O)CCC3NC(=O)/C2=C\C=C/C=C\C3O)ccc1CC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13512 CC(C)(C)c1cc(-c2cc(C(c3ccccc3)c3ccc(OCC(F)(F)F)c(O)c3)no2)ccc1O AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13513 CC(C)(C)c1cc(-c2ccc(COC3CC3)cc2)ccc1CC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13514 CC(C)N(c1ccc(S(=O)(=O)c2ccc3c(c2)CN(C(=O)C2C=CCCC2N)CCC3)cc1)S(=O)(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13515 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC3C=CC(N(C)C(=O)c4ccccc4)CC3)o2)cc1C(C)(C)C AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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