DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13531 Oc1ccc2cc(-c3noc(-c4ccc(F)cc4)n3)ccc2c1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13532 CCc1c(-c2ccc(F)cc2)sc2c(-n3c(N4CCN(C)CC4)noc3=O)cccc12 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13533 O=C(NC1(C(=O)NO)CCCN(C2CCCCC2)C1)c1cc(O)cc(Cl)c1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13534 Oc1cccc(-c2nc(-c3ccc4cc(O)ccc4c3)no2)c1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13535 Oc1ccc2cc(-c3noc(-c4ccc5ccccc5c4)n3)ccc2c1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13536 Oc1ccc2cc(-c3noc(-c4cccc(OC(F)F)c4)n3)ccc2c1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13537 O=C(O)Cc1ccc(O)c2c1C(=O)CCCC2 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13538 CC(C)(C(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)o1)c1ccc2cccc(C#N)c2c1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13539 CC1CNCCN(c2ccc(-c3cc(C(N)=O)cc4ccccc34)cc2)C1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13540 CC(C)(C)c1ccc(-n2c(-c3ccc(C(N)=O)cc3)cc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13541 CC(C)(C(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)o1)c1ccc(C(=O)NCCCCNC2CCCC2)cc1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13542 CC(C)(C(=O)c1ccc(-c2cccc3ccc(C(=O)O)cc23)o1)c1ccc(Cl)c(CN2CCCC2)c1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13543 CC(C)(C)C1NC(=O)CN(CCCc2c[nH]c3ccc(C(N)=O)cc23)C1=O AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13544 CC(C)(C(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)o1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13545 Cc1c(-c2ccc(C(=O)NC3(C)CCC(C)CC3)cc2)cc(C(=O)NCCCCNC(=O)C2CCC(=O)NC(C)C2=O)nc1NCC1C=CC=C1 AlphaDrug 5EQ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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