DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13516 CC(C)(C)c1cc(-c2ccccc2-c2ccccc2)ccc1CC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13517 CC(C)(C)c1cc(-c2ccccc2)ccc1CC(=O)c1cccnc1-c1ccccc1O AlphaDrug 5IA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13518 COc1cc(Cn2cnc3ccc(F)cc32)cc(-c2ccc3c(c2)nc(C)n3C)c1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13519 COc1cc(Cn2cnc3ccc(F)cc32)cc(-c2ccc3cn[nH]c3c2)c1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13520 COc1cc(Cn2cnc3ccc(F)cc32)c(F)c(OC)c1OC AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13521 COc1cc(Cn2cnc3ccc(C)cc32)cc(-c2ccc3cnccc3c2)c1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13522 COc1cc(Cn2cnc3ccc(F)cc32)cc(-c2ccc(F)cc2)c1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13523 COc1cc(-c2ccc3c(-c4cn[nH]c4)n[nH]c3c2)cc(OC)c1OC AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13524 COc1cc(Cn2cnc3ccc(F)cc32)cc(-c2ccc3cn[nH]c3c2)c1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13525 COc1cc(CC(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)cc(C(C)(C)C)c1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13526 COc1cc(Cn2cnc3ccc(F)cc32)cc(-c2ccc3ccc(Cl)cc3c2)c1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13527 COc1cc(Cn2cnc3ccc(F)cc32)ccc1-c1cc(-c2cccc(Cl)c2)no1 AlphaDrug 4Q9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13528 Cc1ccc(OC2CCN(C(F)(F)F)CC2)cc1-c1nc(-c2ccc3cc(O)ccc3c2)no1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13529 Oc1cccc(-c2nc(-c3ccc4cc(O)ccc4c3)no2)c1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13530 O=C(O)c1ccc(-c2cc(OCC3CCN(c4ccccc4)CC3)c(O)cc2F)cc1 AlphaDrug 5UMY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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