DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13426 CC(Cc1ccccc1-c1ccccc1)C(=O)NCC(C)C(=O)N(C)C AlphaDrug 5Y13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13427 CC(C(=O)NS(=O)(=O)N1CCC(NS(=O)(=O)c2ccccc2Cl)CC1)C(C)C(C)(C)C AlphaDrug 5Y13 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13428 CC(C)(C)C(=O)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1cccc2ccccc12)NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1Cl AlphaDrug 5Y13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13429 CC(=O)Nc1cc(COc2ccc(-c3cncc(NC(=O)C4CC4)c3C)cc2)nn1C AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13430 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(N3CCC(N4CCCCC4)CC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(CCCc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 5AFV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13431 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(N3CCC(N4CCC(NC(=O)C5CCCC5)CC4)CC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(CCCc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13432 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(N3CCCC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(CCCc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13433 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(C(N)=O)cc2NC(=O)Nc2cc(N3CCC(N4CCOCC4)CC3)ccc2C)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13434 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(-c3ccccc3C(F)(F)F)cc2NC(C)C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13435 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(N3CCC(N4CCCN(C)CC4)CC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(CCc3ccccc3C)cc2)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13436 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(-c3ccc(OC4CCNCC4)cc3)cc2Nc2ccnc(N)n2)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13437 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(N3CCN(C)CC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(CC3CCCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13438 CC(=O)Nc1cccc(-n2nc(N3CCN(C4CCCCC4)CC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(CCOCc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 5AFV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13439 COc1ccc(C2CCN(S(=O)(=O)Cc3cccc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13440 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCc3ccc4ccccc4c3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 5KAB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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