DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13366 O=C(NC(=O)C1CCCCN1C(=O)NC(=O)C1CCCCC1C(=O)N1CCCC1CO)c1ccccc1 AlphaDrug 5EVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13367 O=C(NC(Cc1ccccc1)C1CCCCC1)OC(=O)C1OCCCCC1C(=O)N1CCCC1CO AlphaDrug 5EVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13368 O=C1NC(CO)CCN(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)c2ccc1nc2 AlphaDrug 5EVD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13369 Nc1nc(-c2ccc(Cl)cc2)ncc1C(=O)NC(=O)N1CCCC1CO AlphaDrug 5EVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13370 CCNC(=O)NC1=C(NC(=O)c2ccc(NC(=O)c3cc(-c4ccccc4)nc(C)c3N)cc2)CCCC1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13371 CCNC(=O)c1cc(O)c(Nc2nccc(-c3ccccn3)n2)c(Cl)c1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13372 CCNC(=O)c1cc(O)cc(-c2nc(NC3CC3)c3cc(OCC4CCCCC4)ccc3n2)c1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13373 CCNC(=O)Nc1cc(O)cc(-c2nc(NC3CC3)c3cc(OCC4CCCCC4)ccc3n2)c1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13374 CCNC(=O)Cc1cnc(C)c(-c2ncc(-c3ccc4c(c3)CC(C)(C)NC4)s2)c1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13375 CCN(CC)CCNC(=O)c1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc(OC)cc3)nc(NC3CCCC3)c2O)cc1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13376 CCNC(=O)N1CCC(c2ccc(NC(=O)c3cc(-c4ccc(F)cc4)nc(C#N)c3O)cc2)C1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13377 CCNC(=O)c1ccc(Nc2cc(O)c(OC)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13378 CCNC(=O)NC1=CC=C2/C(=C/Nc3ccc(C(=O)Nc4ccccn4)cc3)C(=O)N(C)C23CCCCC3=C1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13379 CC(=O)N1CCC(c2ccc(NC(=O)c3cc(-c4ccc(OCC5CC5)cc4)nc(N4CCNCC4)c3Cl)nc2)CC1 AlphaDrug 5WUK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13380 CN(C)C(=O)CN1CCC(Oc2ccc(Nc3nc(-c4ccccc4)no3)cc2)CC1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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