DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13381 CN(C)C(=O)CN1CCC(c2ccc(C(c3ccccc3)c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13382 CC(O)NC(=O)c1ccc(N2CCC(N3CCCC3=O)CC2)c(C2CCN(CC(=O)N(C)C)CC2)c1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13383 CN(C)C(=O)CN1CCC(c2ccc(C(c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)n3cnnc3C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13384 CN(C)C(=O)CN1CCC(c2ccc(C(c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)c3cccc(-c4ccncc4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13385 CN(C)C1CC(C(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)CC(O)C1O AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13386 CN(C)C(=O)CN1CCC(c2ccc(C(c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)c3cccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13387 CN(C)C(=O)CN1CCC(c2ccc(C(c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)c3cccc(C#CCN4CCOCC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13388 CC(OC1(C)CC(=O)NC(CC(=O)N2C(=O)C2Cc2ccc(O)cc2)C1)N(C)C1CC1c1ccc(C2CCN(CC(=O)N(C)C)CC2)cc1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13389 Cc1nc2cc(N3CCC(C(=O)N(C)C)CC3)ccc2n1-c1cccc(-c2cnccn2)c1 AlphaDrug 5BOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13390 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(NC3CCCCCC3)cc2)cc1C(=O)NCCCN1CCCCC1 AlphaDrug 6MAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13391 CC1(C)CCCCC(NC(=O)c2cc(-c3cccc(F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)C1 AlphaDrug 6MAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13392 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3nc4ccc(C(=O)O)cc4s3)cc2)cc1 AlphaDrug 6MAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13393 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1C(N)=O AlphaDrug 6MAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13394 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1C(=O)O AlphaDrug 6MAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13395 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(F)c(Cl)c3)cc2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 6MAJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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