DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13321 O=C1CC(c2ccccc2)C(Nc2ccc(-c3ccc(C4CCOCC4)cc3)cc2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13322 O=C1CC(c2ccc(-c3cc(C4CC4)ns3)cc2)C(N2CCCC(NCc3ccccc3)C2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13323 O=C1CC(c2ccccc2)C(Nc2cnc(N3CCCC3CO)cc2N2CCOCC2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13324 O=C1CC(c2ccccc2)C(Nc2ccc(-c3ccc4nc(C5CC5)[nH]c4c3)cc2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13325 O=C1CC(c2ccccc2)C(Nc2cnc(N3CCCC3CO)cc2NC2CCCCC2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13326 O=C1CC(c2ccccc2)C(Nc2ccc(-c3ccc4cc[nH]c4c3)cc2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13327 O=C1CC(c2cccc3[nH]ccc23)C(Nc2cnc(C3CC3)cn2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13328 O=C1CC(c2cc(OCc3ccccc3)n[nH]2)C(Nc2ccccc2)C(=O)N1 AlphaDrug 5I9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13329 O=C(CC(Nc1cncnc1NC1CCCCC1)C1CCCC1)Nc1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5I9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13330 CC(C)Cc1ccc(-c2cc3ccccc3c(NC(=O)C(F)(F)C(F)(F)F)c2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5K8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13331 CC(C)Cc1cccc2c(C(=O)NCCOc3cccc4ccccc34)c[nH]c12 AlphaDrug 5K8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13332 CC(C)Cc1cccc2c(C(=O)NCc3cccc(C4CCCC(O)=N4)c3)cnn12 AlphaDrug 5K8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13333 CC(C)Cc1cccc2c(C(=O)NCC(C)C(=O)NCc3ccccc3)cnn12 AlphaDrug 5K8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13334 CC(C)Cc1cccc2c(C(=O)NCc3cccc(-c4cccc5cnccc45)c3)cnn12 AlphaDrug 5K8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13335 CC(C)Cc1cccc2c(C(=O)NCc3cccc(-c4cccc(F)c4)c3)cnn12 AlphaDrug 5K8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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