Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13291	N#CCNC1CCC(n2nc(-c3cccc(Oc4ccccc4)c3)c3c(N)ncnc32)C1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13292	Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(NC(=O)Nc3cc(C(F)(F)F)ccc3OC(F)(F)F)cc1)nn2C1CCC(C(=O)O)C1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13293	Nc1ncnc2c1c(-c1cccc(Oc3cncc(F)c3)c1)nn2C1CCC(NC(=O)CCCCC(=O)O)CC1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13294	Nc1ncnc2c1c(-c1cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c1)nn2C1CCC(NC(=O)c2cccc3ccncc23)CC1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13295	Nc1ncnc2c1c(-c1cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c1)nn2C1CCC(NC2CC2)CC1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13296	NCC1CC=CC(n2nc(-c3cccc(Oc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c3c(N)ncnc32)CC1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13297	Nc1ncnc2c1c(-c1cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c1)nn2C1CCC(c2ccccc2)CC1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13298	Nc1ncnc2c1c(-c1cccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)c1)nn2C1CCC(c2cnc[nH]2)CC1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13299	Nc1ncnc2c1c(-c1cccc(Oc3cccc(S(N)(=O)=O)c3)c1)nn2C1CCC(NC(=O)c2ccccc2)CC1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13300	Nc1ncnc2c1c(-c1ccc(Oc3ccccc3)cc1)nn2C1CCC(C(=O)O)C1	AlphaDrug	5CBS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13301	CC1CCC(CN(Cc2ccc(-c3cccc(F)c3)cc2)C(=O)c2ccccc2)CCN1C(=O)c1ccc(C#N)cc1	AlphaDrug	4JZ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13302	Cc1cc(C)cc(C(=O)N(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC2CCC(C)N(C(=O)c3ccc(O)cc3C(=O)NC3CCCCC3=N)C(CCCCCCN)C2)c1	AlphaDrug	4JZ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13303	CC1CCC(CN(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)C(=O)c2ccc3ccccc3c2)CCN1C(=O)C1=C/C=C(OC2CCC2)\C=C(O)/C=C\1	AlphaDrug	4JZ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13304	Cc1ccccc1C(=O)Oc1cccc(C(=O)N(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC2CCC(C)N(C(=O)c3ccccc3)CC2)c1	AlphaDrug	4JZ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13305	CC1CCC(CN(Cc2ccc(C(N)=O)cc2)C(=O)c2cccc(OC(F)(F)F)c2)CCN1C(=O)c1ccc(C2CC2)cc1	AlphaDrug	4JZ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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