Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13231	CC(C)=CCNC(=O)C1CCCC(N2CCN(C(=O)CCc3ccccc3)CC2)CC1	AlphaDrug	5I3X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13232	COC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(NC(=O)OCC(C)C)C(C)C	AlphaDrug	5I3X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13233	CC(CCCN=C(N)N)NC(=O)NC(=O)NCCCN(C(=O)NCC(O)C(C)(O)n1cc(-c2ccccc2)cn1)C(=O)N1CCCC1	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13234	Cc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1-n1c(-c2cccc(NC(=O)NCc3c[nH]c4ccccc34)c2)nc2ccccc21	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13235	CC(O)(C(O)CNC(=O)c1ccc(O)c(O)c1)n1c(=O)n(CC2CCCC2)c(=O)c2cc(Cl)ccc21	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13236	CN(C)Cc1cc2ccc(-c3cnn(C(C)(O)C(O)CNC(=O)c4ccc(O)c(O)c4)c3)cc2cc1Cl	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13237	CC(C)(C(=O)OC(C)(O)C(O)CNC(=O)c1ccc(O)c(O)c1)c1ccc(O)cc1	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13238	Nc1nc(NCc2ccccc2)cc(S(=O)(=O)NC(=O)NCCCCCCNC(=O)c2ccccc2)c1F	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13239	CC(O)(C(O)CNC(=O)c1ccc(O)c(O)c1)n1cc(-c2ccc3ccccc3c2)cn1	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13240	CC(O)(OCCC(=O)NC(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1)C(O)CNC(=O)c1ccc(O)c(O)c1	AlphaDrug	4NA9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13241	CN1c2ccccc2N(C(C)(O)C(O)CNC(=O)c2ccc(O)c(O)c2)c2ccc(-c3ccccc3)cc21	AlphaDrug	4NA9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13242	CN1CCN(C2CCN(c3nc4cnc(Cl)cc4n3C(C)(O)C(O)CNC(=O)c3ccc(O)c(O)c3)CC2)CC1	AlphaDrug	4NA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13243	NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3cccc(Oc4ccccc4)c3)n2)cc1	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13244	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13245	COP(=O)(O)OCC1(O)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

13231 to 13245 of 73725 items. Total 4915 pages.