Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13201	CC(C)N(C)C(=O)N1CC(C(=O)NC(Cc2cccc3ccccc23)C(=O)O)CC1C(=O)NC(C(=O)O)c1ccc(F)c(F)c1	AlphaDrug	4CU8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13202	C/C(=N\C(Cc1ccccc1)C(=O)N(Cc1ccccc1)C(=O)NCc1ccccc1)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O	AlphaDrug	4CU8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13203	CCC(=O)N1CCCCC(NC(=O)C(Cc2ccccc2)/N=C(/C)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1	AlphaDrug	4CU8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13204	C/C(=N/C(Cc1ccccc1)C(=O)N1CCN(c2ccc(C)c(C)c2)CC1)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O	AlphaDrug	4CU8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13205	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccc(N(C)C(=O)c4ccc5c(c4)OCO5)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13206	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccc(N(C)C(=O)c4ccc5c(c4)OCCO5)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13207	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccc(N(C)C(=O)c4ccc5c(c4)CCO5)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13208	Cc1nc(N)nc2ccc(-c3ccc(CN4CC(C)(C)C4)s3)cc12	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13209	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccc(N(C)C(=O)c4ccc(C)cc4)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13210	CC1(C)CC(NC(=O)c2ccc(Nc3ncc(F)c(Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)n3)cc2)CCN1	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13211	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccc(N(C)C(=O)c4ccc(F)cc4Cl)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13212	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccc(CNC(=O)c4ccccc4)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4CS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13213	Cc1c(C(F)(F)F)c2ccccc2c(=O)n1Cc1cccc(-c2ccc(C(N)=O)cc2)c1	AlphaDrug	6NCO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13214	Cc1c(-c2ccccc2)c2ccccc2c(=O)n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	6NCO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13215	Cc1c(-c2ccccc2)c2ccccc2c(=O)n1Cc1cccc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	6NCO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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