DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13141 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13142 CN(C)CCc1ccc(C(Cc2ccccc2)NC(=O)NC(C)(C)C)cc1O AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13143 CC(C)(CN1CCN(c2ccc(C(=O)NO)cc2)CC1)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13144 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccccc1C(N)=O AlphaDrug 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13145 CN(CC(=O)NCCN1CCCCC1)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(NC(=O)c3ccc(Cl)nc3)c2)cc1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13146 Cc1ccsc1CN(C)C(=O)c1ccc(Nc2cc(NC3CCNCC3)ncn2)cc1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13147 CN(CC(=O)NCCCN1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)cn2)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13148 CN(CC1CCN(C(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3Cl)cc2)CC1)C(=O)CN1CCCCC1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13149 CN(CCN1CCC(c2ccc(Cl)c(Cl)c2)CC1)C(=O)c1ccc(N2CCN(c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13150 CN(CC(=O)Nc1ccc(-c2cnc(NC3CC3)c(C(=O)NCC(=O)O)n2)cc1)c1ccccn1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13151 CN1CCCC(NC(=O)c2ccc3c(c2)ncn3-c2ccc(Cl)cc2Cl)CC1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13152 O=C(Nc1ccc(-c2ccc(Cl)cc2)cc1)N1CCNCC1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13153 CN(CC(=O)Nc1ccc(Cl)cn1)C(=O)c1ccc(Nc2cc(F)cc(NC3CC3)c2)cc1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13154 CN(CC(=O)Nc1ccc(C(C)(C)C)cc1)C(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)CC2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6EQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13155 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3cc(O)ccc23)cc1 AlphaDrug 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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